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広東省沿岸部からの移住民を大量に募集して開墾を進めた。
そのため、労働力として漢民族の男性が移入し、原住民（特に平埔族）の女性と混血していった。

その際に台湾原住民がオランダ人を「Tayouan」（現地語で「来訪者」の意）と呼んだことから「大員」（台湾話：タイオアン）、更に「台湾」という名称が誕生したという説もある。
その後、「抗清復明」の旗印を掲げた鄭成功が、1661年から台湾のオランダ人勢力を攻撃した。

翌1662年には最後の本拠地であるゼーランディア城も陥落させ、オランダ人は全て駆逐されていった。

鄭成功は台湾を東都と改名して「抗清復明」の拠点とした。

1662年に彼が死去した後も、息子である鄭経が「抗清復明」の基地化を進めていった。

鄭氏による台湾支配はその後の清朝の攻撃によって短期間で終わり、台湾は清朝の支配下に入ることとなった。しかし、当初清朝は、抗清勢力を壊滅させる為に台湾島を攻撃したので台湾島の領有には消極的であった。
だが、最終的には海賊の蔓延を防ぐという軍事上の観点から領有することを決定し、台湾に1府（台湾）3県（台南、高雄、嘉義）を設置した上で福建省の統治下に編入した。

ただし、それ故に、台湾本島における清朝の統治範囲は島内全域に及ぶことはなく、半ば見捨てられた島状態となって行った。

以上の経緯が台湾独立派の主張する「歴史的に中華人民共和国の台湾領有権は不当」の根拠の一つになっている。
なお、現在、中華人民共和国と台湾は、清朝の主権が台湾のみでなく釣魚島（尖閣諸島）にも及んでいたと主張している。

update:2009年09月29日